ジム・カークを宇宙艦隊の艦長に形成するのを助けた、亡くなった友に関するパワフルなストーリィは続く…。
ゲーリー・ミッチェルは死んだ。船を救うために親友の手に掛かって。悲しみにくれ、故郷に戻ったカークは、初めてゲーリーの生死を左右した時のことを思い出す。７年前、ＵＳＳコンスティチューション号にゲーリーは主任ナビゲーターとして、カークは第二副長として任務に就いていた。その当時のこと、艦は無慈悲な侵略者により脅迫された異星の防衛に向かった。攻撃の初期の段階で艦長と副長が意識不明に陥り、カークは初めて指揮を執ることになる。重武装の敵を打ち負かすチャンスは一つしかないことを知るが、それにはゲーリー・ミッチェルの命を犠牲にしなければならない！