宇宙連邦から遠く離れ、宇宙船エンタープライズは植民星の成長を見守る。辺境の植民地であったその星に、銀河の命運がかかる。エンタープライズは連邦を代表する唯一の存在であり、コロニストたちを敵意を持つ異星人から守るため絶え間なく戦い、植民惑星にそれぞれの思惑を持つ者達に一人立ち向かわなければならなかった。
だが、全ての冒険には終わりがある。カーク艦長とエンタープライズが植民地の保護を他の船とそのクルーに引き渡す時が来た。その新しい船は植民地に対する激しい攻撃のさなかに到着し、破壊された。コロニスト達とその敵をも脅かす新たな強敵をエンタープライズは撃退する一方、多くのクルーが亡くなった中、副長のNick Keller少佐が一人生き残る。―最初は一人であった彼は、本来の任務を遂行する方法を探し、死にものぐるいになっているエンタープライズを手助けしなければならない。