スポックとマッコイが行方不明になる中、カークは連邦全体を揺るがす陰謀を止めなければならない。
百年近くの間、惑星Chrellkan は、同星系の第3惑星上の植民地と友好的な関係を保ってきた。しかしながら、植民者の反乱分子がChrellkan を支配し母星に反旗を翻したことから、両者の関係が険悪になる。
反目が全面戦争へと拡大するのを防ぐため、宇宙連邦軍はカーク艦長と〈エンタープライズ〉に紛争を調停するように命じた。到着後、カークは反乱者の要求を調査するためにスポックとマッコイを派遣する。しかし、転送降下した数秒後、2人の士官は捕虜にされ、その後殺されたとセンサーに表示された。傷心のカークは最大の友二人の命を奪ったミステリアスな反乱の背後に隠された真実を見つけなくてはならない。
カークの調査により、連邦に対する危険な陰謀が暴かれる。それは復讐によって引き起こされた陰謀で、連邦の最高の法律、不干渉命令(プライム・ダイレクティブ)を暴力と破壊の道具に変えるものだった。
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