〈エンタープライズ〉のカーク艦長とクルーたちは銀河が全面戦争へと雪崩こむのを防がなければならない。
重要な外交上のレセプションへ向かう途中、〈エンタープライズ〉は突如クリンゴン戦闘機に攻撃される。このいわれのない攻撃は、クリンゴン艦の艦長に主張によれば、最近消えた数隻のクリンゴン艦を連邦が攻撃した報復だと言うことが分かった。
何とか休戦をとりつけ、カーク艦長はレセプション会場にかけつけるが、そこで、消えているのはクリンゴン艦だけではなく、連邦艦もロムランのバード・オブ・プレイも、知られている限りのあらゆる種族の船が跡形無く消えていることが分かる。
そこで、〈エンタープライズ〉のカーク艦長とクルーたちは、既知宇宙全体が恐ろしい争いに巻き込まれる前に消えた船の運命を見極めなくてはならない。
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