考古学調査のため、ダルシファー星団へおもむいた航宙艦<エンタープライズ>。今回の調査には高名な考古学者カウル博士の調査団が同行しており、頭の堅い学者たちとの共同調査は順調とは言いがたい。第四惑星で上陸調査をはじめるとまもなく、予測以上に古く、しかもまだ正常に機能していると思われる謎の遺跡が発見される・・・危険きわまる考古学調査にあたる、カーク艦長率いる<エンタープライズ>クルーたちの活躍！