宇宙連邦は、謎のウイルスによって滅びかけていた。ボーグによる再生の影響を脱したカークは、何者かが故意にこのウイルスを蔓延させたのだと気づく。さらに、この陰謀にはなんとヴァルカン人がかかわっているのだ！　カークは急遽ヴァルカンをめざす。そのころ「父、サレック前大使の死は暗殺だった」という奇妙なメッセージを受け取ったヴァルカン大使スポックも、真相を究明すべく故郷ヴァルカンへ向かっていた・・・。