＜エンタープライズＥ＞を率いるピカード艦長は、謎のウイルスに侵された惑星の封鎖任務中、ウイルスの発生源についての手がかりをつかむ。これは宇宙連邦内部からの攻撃だ！　そう悟ったピカードが艦首を向けたのは惑星ヴァルカンだった。サレックの暗殺者を追求するスポックと、ウイルス蔓延の首謀者を追うカークとピカード。三者は奇しくもヴァルカンに集結する。そして、彼らの追う敵はひとつだと判明したとき・・・！？